三千余年前的周代初年北京地区已有建置，从周武王至五代时期，蓟城曾是诸候国的国都，州郡或沿所。到辽、宋、金时期，蓟城位置未变，而名称不断变化，辽国先称幽州，后改南京（又名燕京），又改为析津府，今北京市区相当于析津府的北部。区境在南京城的东郊，当时属析津府所辖析津县地。北宋时南京为燕山府。金灭北宋后又改名燕京。贞元元年（公元1153年），金国都迁至燕京，改燕京为中都，改析津府为大兴府，下辖大兴、宛平、安次等十县。今北京市区相当于大兴府的西半部，区境为大兴府所辖大兴县地。元代在金中都的东北营建新城名大都。至元二十一年（公元1284年）置大都路总管府，领二院、六县、十州。大兴县为六县之一。

　　今北京市区相当于大都路的西北部，区境仍属大兴县地。明洪武元年（公元1368年）改大都路为北平府，永乐元年（公元1403年）改北平府为顺天府。今北京市区相当于顺天府的西北部。明嘉靖三十二年（公元1553年），增建南外城垣。区境大部分圈入外城的东半部，仍为大兴县辖区。明代沿袭前代，将北京内城划分为若干“坊”，明嘉靖四十三年（公元1564年），在外城建置，区境相当于其正东坊、崇北坊和崇南坊之地。

　　 清代将北京内城划分为八旗之驻地，外城设中、东、西、南、北五城。区境相当于东城、南城和中城之一部分。清光绪末年，将北京内外城改划为“区”，内外城各设十个区，隶属于内外城巡警总府。区境相当于其左一至外左五区以及外右五区一半。民国十七年（公元1928年）改名北平，民国十九年（公元1930年）重划行政区域，内城六个区，外城五个区，区境相当于外一区、外三区、外五区东部和南郊区、东郊区各一部分。

　　1949年1月，北平和平解放，北京市人民政府按原行政区划临时划定全市为三十二个行政区。崇文区当时称外三区，是十二个城区之一。　　四十余年来，崇文区的境域行政区划和名称均有变动，较大的城区区划调整有三次： 1950年5月，第一次城区区划调整，原十二个区合并为九个区。第十区（外三区于1949年6月改名为十区）改称第七区。

　　1952年9月，第二次城区区划调整，又将九个区合并为七个区。第七区改称崇文区。

　　1958年6月，第三次城区区划调整，原前门区撤消，其辖区东部划入崇文区。至此形成崇文区的现行的行政区划。